Assim que é realizada a integração da área do aluno com o site da instituição de ensino a cor padrão da mesma vem cadastrada como verde, porém é possível alterá-la para ficar de acordo com as cores padrões da escola.

Para isso basta acessar o menu "Configurações":

Clicar em "Área do aluno":

E alterará a cor da barra de navegação e cor primária:

Para salvar basta apenas clicar em "Editar":

Assim as cores aparecerão para todos os responsáveis e estudantes que acessar a área do aluno:

Permissões necessárias para alterar cores da área do aluno: